生物制藥GMP凈化車間和醫藥器械GMP凈化車間都是為了滿足生產環境的潔凈度要求而建設的，但它們也有著一些區別和聯系。

區別：

1、應用領域不同：生物制藥GMP凈化車間主要用于生物制品、疫苗、基因工程藥物等生物技術領域，醫藥器械GMP凈化車間主要用于醫療器械、藥品包裝、醫用耗材等醫療器械行業。

2、設計標準不同：生物制藥GMP凈化車間設計標準更高，潔凈度等級可達到100級以下，醫藥器械GMP凈化車間的潔凈度等級一般為100級左右。

3、工藝流程不同：生物制藥GMP凈化車間的工藝流程相對復雜，需要進行細胞培養、發酵、提取等一系列生物技術操作，而醫藥器械GMP凈化車間則以裝配、包裝、檢驗等為主。

4、環境要求不同：生物制藥GMP凈化車間需要保證生物安全，防止交叉污染，而醫藥器械GMP凈化車間則需要考慮產品的耐受性和兼容性。

聯系：

1、均需要采用空氣凈化技術和設備，如高效過濾器、風淋室、UV燈等；

2、均需要對工作人員進行培訓和管理，如潔凈室服裝、潔凈室操作規程等；

3、均需要進行潔凈度檢測和驗證，如顆粒檢測、微生物檢測等；

4、均需要進行清潔消毒和環境監控，如潔凈室清潔消毒、空氣質量監測等。

因此，盡管生物制藥GMP凈化車間和醫藥器械GMP凈化車間在應用領域、設計標準、工藝流程等方面存在一定的差異，但它們都需要嚴格遵循GMP規范，保證生產環境的潔凈度，確保產品質量和安全性。